SIB Institut Suisse de Bioinformatique

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    "title": "Chercheur scientifique en génomique comparative computationnelle, structure des protéines et IA pour l'amélioration des cultures",
    "description": "SIB Institut Suisse de Bioinformatique est a la recherche d'un(e) Chercheur scientifique en génomique comparative computationnelle, structure des protéines et IA pour l'amélioration des cultures pour son site de Lausanne.\n\nL'Institut SIB de Bioinformatique en Suisse recrute un chercheur.\nTâches\n•\nDévelopper des méthodes pour améliorer la reconstruction orthologique.\n•\nIntégrer des informations sur la structure des protéines dans le workflow.\n•\nÉvaluer les améliorations méthodologiques sur des ensembles de données.\nCompétences\n•\nDoctorat en biologie computationnelle ou domaine connexe requis.\n•\nCompétences en programmation, notamment en Python.\n•\nExpérience avec des flux de travail computationnels reproductibles.\nL'Institut Suisse de Bioinformatique (SIB) est une organisation à but non lucratif reconnue internationalement, dédiée à la science des données biologiques et biomédicales. Ses data scientists sont passionnés par la création de connaissances et la résolution de questions complexes dans de nombreux domaines, de la biodiversité et l'évolution à la médecine. Ils fournissent des bases de données essentielles et des plateformes logicielles ainsi qu'une expertise et des services en bioinformatique aux groupes académiques, cliniques et industriels. Le SIB fédère la communauté suisse de bioinformatique composée d'environ 900 scientifiques, encourageant la collaboration et le partage des connaissances. L'Institut contribue à maintenir la Suisse à la pointe de l'innovation en favorisant le progrès de la cherche biologique et en améliorant la santé.\nCurieux ? Veuillez cliquer\nici\npour en savoir plus sur le profession au SIB.\nPour renforcer notre équipe à Lausanne, Suisse, nous recherchons un\nChercheur scientifique en génomique comparative computationnelle, structure des protéines et IA pour l'amélioration des cultures\nDescription du poste\nUn poste de Chercheur scientifique est disponible dans le groupe de génomique comparative dirigé par le Dr Natasha Glover et le Professeur Christophe Dessimoz à l'Institut Suisse de Bioinformatique (SIB) / Université de Lausanne.\nLes génomes des plantes présentent des défis majeurs pour l'inférence d'orthologie, notamment des taux élevés de duplication, l'expansion des familles de gènes, les réarrangements du génome, l'hybridation, l'introgression et une qualité variable des annotations. Le candidat retenu développera et évaluera de nouvelles approches pour améliorer l'inférence des HOG en intégrant des sources de preuves supplémentaires, en particulier la structure des protéines et la synténie.\nLe Chercheur scientifique devra :\n•\nDévelopper des méthodes pour améliorer la reconstruction d'orthologie et l'inférence des HOG chez les plantes.\n•\nIntégrer l'information sur la structure des protéines dans le flux de metier d'inférence d'orthologie OMA, dans le but d'améliorer la détection d'homologie profonde et de raffiner les HOG.\n•\nRéaliser des inférences d'orthologie à grande échelle et des évaluations sur des jeux de données végétaux, incluant la collecte de génomes, le contrôle qualité, l'inférence d'arbres d'espèces et la reconstruction des HOG basée sur FastOMA.\n•\nConstruire ou assembler des jeux de données de référence de familles de gènes végétaux annotées, incluant des cas avec duplications et un large échantillonnage taxonomique.\n•\nÉvaluer les améliorations méthodologiques en utilisant à la fois des jeux de données de familles de gènes annotées et des métriques de référence à grande échelle sans référence, telles que la complétude des HOG, la taille du répertoire génétique ancestral, les schémas de duplication et la cohérence entre niveaux taxonomiques.\n•\nExplorer comment l'apprentissage automatique pourrait être utilisé pour combiner séquence, structure, synténie et information phylogénétique afin d'améliorer l'inférence d'homologie et d'orthologie.\n•\nDévelopper des logiciels et des flux de travail réutilisables et open source, qui seront mis à disposition via les dépôts GitHub du groupe.\n•\nPréparer les résultats pour publication dans des revues scientifiques à comité de lecture.\n•\nContribuer au consortium plus large Comparative QTLomics, dont l'objectif global est d'améliorer la priorisation des gènes candidats en combinant l'extraction assistée par IA des QTL dans la littérature, la génomique évolutive comparative et l'intégration de données fonctionnelles.\nL'orientation méthodologique exacte sera définie conjointement avec le candidat, en fonction de son expertise. Le candidat retenu travaillera en étroite collaboration avec une équipe interdisciplinaire sur le projet financé par le FNS AI-driven Comparative QTLomics visant à accélérer l'amélioration des cultures, qui vise à intégrer l'extraction assistée par IA de la littérature, l'inférence d'orthologie, la génomique comparative",
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    "description": "Nouvelle opportunite : Responsable Comptable chez SIB Institut Suisse de Bioinformatique (Lausanne).\n\nL'Institut SIB de bioinformatique, reconnu internationalement, est une organisation à but non lucratif. Rejoignez un environnement dynamique et collaboratif.\nTâches\n•\nGérer les opérations comptables quotidiennes de manière efficace.\n•\nAssurer des rapports fiscaux et statutaires précis et à temps.\n•\nParticiper au processus de clôture financière annuelle et à la budgétisation.\nCompétences\n•\nDiplôme de Bachelor avec 7 ans d'expérience pertinente en comptabilité.\n•\nExcellente maîtrise des concepts de comptabilité financière.\n•\nCapacité à travailler de manière autonome et à gérer les priorités.\nL’Institut Suisse de Bioinformatique (SIB) est une organisation à but non lucratif reconnue internationalement, dédiée à la science des données biologiques et biomédicales. Ses data scientists sont passionnés par la création de connaissances et la résolution de questions complexes dans de nombreux domaines, de la biodiversité et l’évolution à la médecine. Ils fournissent des bases de données essentielles et des plateformes logicielles ainsi qu’une expertise et des services en bioinformatique aux groupes académiques, cliniques et industriels. Le SIB fédère la communauté suisse de bioinformatique composée d’environ 900 scientifiques, encourageant la collaboration et le partage des connaissances. L’Institut contribue à maintenir la Suisse à la pointe de l’innovation en favorisant le progrès de la cherche biologique et en améliorant la santé.\nCurieux ? Veuillez cliquer\nici\npour en savoir plus sur le metier au SIB.\nPour renforcer notre équipe à Lausanne, Suisse, nous recherchons un\nResponsable Comptable\nDescription du opportunite\nLa mission de ce poste est d’assurer le bon fonctionnement fiable et efficace des processus comptables quotidiens, tout en fournissant un soutien opérationnel et analytique pratique au Chef de la Comptabilité.\nResponsabilités\n•\nGérer les opérations comptables quotidiennes\n•\nGérer et rapprocher les comptes du bilan\n•\nAssurer des rapports statutaires et fiscaux précis et en temps voulu\n•\nPréparer les déclarations de TVA et assurer la liaison avec l’Administration Fédérale des Contributions\n•\nParticiper activement au processus de clôture financière annuelle\n•\nPréparer des rapports financiers périodiques et contribuer au processus budgétaire ainsi qu’à son suivi\n•\nSoutenir les directeurs de groupe/département dans leurs demandes liées au budget\n•\nAssurer un support de secours pour le traitement mensuel des salaires\n•\nParticiper à des projets transversaux\n•\nConduire des améliorations de processus et des initiatives d’automatisation\nProfil requis\nFORMATION ET EXPÉRIENCE PROFESSIONNELLE\n•\nBachelor + 7 années d’expérience professionnelle pertinente ou qualifications équivalentes (diplôme fédéral en comptabilité est un plus)\nCOMPÉTENCES REQUISES\n•\nSolide connaissance des concepts de comptabilité financière\n•\nExpérience des activités de clôture annuelle et de reporting financier\n•\nConnaissance des concepts de comptabilité analytique\n•\nExpérience en traitement des salaires et retenue d’impôt\n•\nExcellente maîtrise des outils bureautiques (Excel, Word, PowerPoint, etc.)\nCOMPÉTENCES COMPORTEMENTALES REQUISES\n•\nExcellentes compétences organisationnelles et de priorisation\n•\nBonnes compétences en gestion des parties prenantes\n•\nCapacité à conceptualiser, analyser et proposer des améliorations\n•\nCapacité à respecter les délais\n•\nApproche proactive et orientée solutions\n•\nCapacité à travailler de manière autonome et à prendre en charge les processus comptables\n•\nCapacité à maintenir et gérer des informations confidentielles et sensibles\n•\nEsprit d’équipe prononcé\n•\nFrançais : excellentes compétences écrites et orales\n•\nAnglais : bonnes compétences écrites et orales (idéalement C1)\nATOUTS\n•\nExpérience en gestion de subventions dans un environnement académique\n•\nExpérience en gestion d’audits\nLe taux d’activité pourra évoluer à l’avenir jusqu’à potentiellement 80-100 %.\nComment postuler\nLe SIB s’engage à garantir et promouvoir la diversité et l’égalité des chances sur le lieu de travail ainsi que dans l’écosystème scientifique. Si ce poste stimulant et très intéressant vous intéresse, veuillez soumettre votre candidature incluant CV et lettre de motivation via notre portail en ligne en cliquant sur le bouton \"Postuler\".\n\nPostulez des maintenant pour ce poste de Responsable Comptable a Lausanne.",
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    "title": "Stage post-diplôme « Analyse de données (génomique, protéomique) des bactéries stimulant la croissance des plantes »",
    "description": "Offre d'emploi : Stage post-diplôme « Analyse de données (génomique, protéomique) des bactéries stimulant la croissance des plantes » -- SIB Institut Suisse de Bioinformatique, Zurich.\n\nAgroscope recherche un stagiaire post-diplôme en analyse de données à Wädenswil.\nTâches\n•\nAnalyser les données de protéomique microbienne et les intégrer.\n•\nAssembler les génomes de bactéries à l'aide de données NGS.\n•\nContribuer aux projets de recherche du groupe de génomique microbienne.\nCompétences\n•\nDiplôme de Master récent en Bioinformatique ou Biologie Computationnelle.\n•\nCompétences en programmation (Python/R) requises.\n•\nBonnes compétences en communication et esprit d'équipe.\nPour renforcer notre équipe à Wädenswil, Suisse, nous recherchons un(e)\nStage post-diplôme « Analyse de données (génomique, protéomique) des bactéries stimulant la croissance des plantes »\nDescription du poste\nAgroscope est le centre d'excellence suisse pour la est a la recherche de en agriculture, nutrition et environnement. Nous avons une ouverture pour un(e) étudiant(e) post-diplôme motivé(e) à nous rallier DÈS QUE POSSIBLE.\nDate de début : 1er juillet 2026 (ou selon accord)\nNous recherchons une personne dévouée qui aime analyser et intégrer des données de génomique fonctionnelle (principalement des séquences de génome et des données protéomiques, et éventuellement des données RNA-seq et Tn-seq) et qui peut nous aider à comprendre les mécanismes permettant aux bactéries de stimuler la croissance des plantes et, en outre, d'inhiber la croissance des agents pathogènes nuisibles aux plantes. Nous offrons un environnement diversifié et international, un fort esprit d'équipe, ainsi qu'une recherche pratique et innovante. Pour plus d'informations, veuillez contacter le Dr Christian Ahrens, chef d'équipe Microbial Genomics & Bioinformatics (Molecular Ecology Group, Agroscope) et chef de groupe à l'Institut Suisse de Bioinformatique SIB (\nhttps://www.sib.swiss\n/christian-ahrens-group/).\nTâches\n•\nAnalyse des données protéomiques microbiennes ; intégration avec les informations génomiques\n•\nAssemblage du génome des bactéries à l'aide de données NGS (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore Technologies) et annotation du génome\n•\nAide à l'analyse d'autres données OMICS (RNA-Seq, Tn-Seq)\n•\nContribution aux projets de cherche (y compris publications) de l'équipe Microbial Genomics and Bioinformatics\n•\nMaintenance et extension des pipelines d'analyse de données (protéomique, assemblage de génome)\nProfil requis\n•\nMaster récemment obtenu (il y a moins de 10 mois) (ETH ou université, FH)\n•\nScientifique motivé avec une formation/diplôme en bioinformatique/biologie computationnelle\n•\nExcellentes compétences en programmation (Python/R) ; expérience dans l'analyse de données de génomique fonctionnelle est un plus\n•\nBon joueur d'équipe avec de bonnes compétences en communication\n•\nConnaissance (idéalement) de deux langues officielles suisses et très bonne maîtrise de l'anglais\nComment postuler\nSi ce role stimulant et très intéressant vous intéresse, veuillez envoyer votre candidature incluant CV et lettre de motivation à :\nchristian.ahrens@agroscope.admin.ch\n\nRejoignez SIB Institut Suisse de Bioinformatique et donnez un nouvel elan a votre carriere.",
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    "description": "Rejoignez SIB Institut Suisse de Bioinformatique en tant que Poste de doctorant en phylogénétique computationnelle a Wädenswil.\n\nNous recherchons un doctorant en phylogénétique computationnelle à Wädenswil.\nTâches\n•\nModéliser des séquences génomiques sur des arbres phylogénétiques.\n•\nDévelopper des algorithmes d'inférence et les implémenter en Rust.\n•\nÉvaluer les méthodes par simulation et sur des données réelles.\nCompétences\n•\nMSc en informatique, biologie computationnelle ou mathématiques appliquées.\n•\nSolides compétences en algorithmes et optimisation combinatoire.\n•\nConnaissance des modèles stochastiques et de la programmation.\nPour renforcer notre équipe à Wädenswil, Suisse, nous recherchons un\nPoste de doctorant en phylogénétique computationnelle\nTâches du poste\nLes séquences génomiques sont modélisées comme évoluant le long d’arbres phylogénétiques binaires via des processus stochastiques de substitution et d’insertion-suppression (indel) de chaînes de caractères. Étant donné un ensemble de séquences actuelles, les problèmes classiques d’inférence en phylogénétique sont : (i) l’inférence d’homologie, (ii) l’inférence d’arbre, et (iii) la reconstruction de séquences ancestrales. Un axe central de nos travaux récents a été de développer des approches rapides fréquentistes prenant en compte les indels pour ces problèmes.\nPour des raisons de faisabilité, les modèles doivent dans la plupart des cas supposer que les résidus évoluent indépendamment à travers les sites. En réalité, les probabilités de mutation sont influencées par le contexte de la séquence, incluant des contraintes structurelles et fonctionnelles spécifiques à la position. Ces dernières années, la convergence de la biologie computationnelle et des méthodes basées sur les données a conduit aux grands modèles de langage génomique (gLLMs). Ceux-ci peuvent modéliser les dépendances du contexte de la séquence.\nEn nous appuyant sur nos travaux précédents, notre objectif est de développer des méthodes neuro-symboliques qui conservent l’ancrage mécanistique de la phylogénétique classique, tout en intégrant la richesse représentationnelle des gLLMs. En tant que doctorant, vous concevrez des modèles de mutation, développerez des algorithmes d’inférence, les implémenterez dans notre base de code Rust, et évaluerez les méthodes par simulation et sur des données réelles.\nProfil requis\nVous devez être titulaire d’un MSc en informatique, sciences computationnelles, biologie computationnelle, statistiques / mathématiques appliquées, ou dans un domaine quantitatif connexe, avec une solide formation en :\n•\nAlgorithmes, en particulier optimisation combinatoire\n•\nModélisation stochastique\n•\nStatistiques inférentielles computationnelles\n•\nProgrammation, idéalement en Rust et/ou C++\nLa connaissance de la phylogénétique et/ou une compréhension des réseaux neuronaux est un avantage.\nComment postuler\nSi ce opportunite stimulant et très intéressant vous intéresse, veuillez envoyer votre candidature via la plateforme ZHAW en cliquant\nici\n.\n\nVotre prochaine etape professionnelle commence ici.",
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