Postdoc in Computational Systems Biology und Metabolic Modeling

Eine Fehlregulation des Lipidstoffwechsels spielt eine Schlüsselrolle bei der Entstehung und dem Fortschreiten von Stoffwechselstörungen, darunter Fettleibigkeit, Typ-2-Diabetes und metabolische Dysfunktion-assoziierte steatotische Lebererkrankung (MASLD). Wir suchen einen hochmotivierten Wissenschaftler für Computer- und Systembiologie, der an einem vom Schweizerischen Nationalfonds (SNF) finanzierten Projekt mitarbeitet, das darauf abzielt, unser Verständnis des menschlichen Lipidstoffwechsels bei MASLD zu verbessern. Der Schwerpunkt des Projekts liegt auf der Modellierung des menschlichen Stoffwechsels durch die Integration klinischer Daten mit experimentellen Modellen. Es umfasst biochemische und molekulare Daten aus mehreren Geweben und Bioflüssigkeiten, um den gewebespezifischen Stoffwechsel, metabolische Wechselwirkungen zwischen Organen sowie die Nährstoffaufnahme, -umwandlung und -freisetzung zu untersuchen. Das Projekt kombiniert statistische Modellierung, Systembiologie und In-silico-Stoffwechselmodellierung mit klinischen, transkriptomischen, proteomischen, metabolomischen/lipidomischen, räumlichen molekularen Bildgebungs- und experimentellen Stoffwechselflussdaten, um neue Einblicke in die komplexen Stoffwechselveränderungen zu liefern, die MASLD zugrunde liegen. Was Sie erwarten können
Entwickeln und wenden Sie mathematische, statistische und maschinelle Lernmodelle auf komplexe, hochdimensionale und multimodale biologische und klinische Datensätze, einschließlich räumlicher und bildgebender Daten, an
Modellieren Sie den Lipid- und Nährstoffstoffwechsel mithilfe kompartimenteller, kinetischer, mechanistischer, metabolischer Netzwerk- oder physiologischer Ansätze
Rekonstruieren und modellieren Sie gewebespezifische Stoffwechselnetzwerke und validieren Sie Modellvorhersagen anhand experimenteller Daten
Beteiligen Sie sich an multidisziplinären und gemeinschaftlichen Forschungsprojekten und tragen Sie dazu bei. Bereiten Sie wissenschaftliche Erkenntnisse vor, präsentieren und kommunizieren Sie sie bei internen Besprechungen, internationalen Konferenzen und durch von Experten begutachtete Veröffentlichungen
Ihr Profil
Doktortitel oder gleichwertiger Abschluss in Computerbiologie, Systembiologie, angewandter Mathematik, Bioverfahrenstechnik oder einem verwandten Bereich
Starke Fachkenntnisse in mathematischer und statistischer Modellierung, maschinellem Lernen und Systembiologie, mit Erfahrung in der Analyse hochdimensionaler, multimodaler oder multiomischer biologischer oder klinischer Daten
Nachgewiesene Erfahrung in der In-silico-Stoffwechselmodellierung, z.B. Constraint-basierte oder genombasierte Stoffwechselmodellierung, metabolische Netzwerkrekonstruktion, kinetische oder metabolische Flussmodellierung oder datengesteuerte Simulation
Kenntnisse in R, Python oder MATLAB und Erfahrung in der Integration experimenteller Daten in Rechenmodelle; Erfahrung in Massenspektrometrie, räumlicher Omics, molekularer Bildgebung oder Gewebebildgebung ist von großem Vorteil
Begeisterter und kollaborativer Wissenschaftler mit ausgeprägten Analyse- und Problemlösungsfähigkeiten, der Fähigkeit, unabhängig und in multidisziplinären Teams zu arbeiten, sowie ausgezeichnetem Englisch in Wort und Schrift
Was wir bieten
Ein unterstützendes, kollaboratives und hochmodernes Forschungsumfeld mit Möglichkeiten zur wissenschaftlichen und beruflichen Weiterentwicklung
Teilnahme an multidisziplinären Forschungsprojekten an der Schnittstelle von Computerbiologie, Systembiologie, Stoffwechsel, Multi-Omics, molekularer Bildgebung und klinischer Forschung
Die Möglichkeit, mit großen Datensätzen aus präklinischen und klinischen Studien zu arbeiten
Enge Zusammenarbeit mit Experten aus verschiedenen wissenschaftlichen und klinischen Disziplinen
Fragen zum Job? Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an
Prof. Mojgan Masoodi
Leiter Forschung
+41 31 66 4 05 32
INSELSPITAL
3010 Bern