Senior Computational Microbiologist

Intitulé du poste : Microbiologiste Computationnel Senior
- 100%
Date de début :
01.01.2027 (flexible)
Lieu de travail :
Wagistrasse 18, 8952 Schlieren
Mode de travail :
100% sur site
Chez
CellX Biosolutions AG
, une spin-off innovante de l'ETH, nous développons des solutions microbiennes pour
dégrader les polluants environnementaux persistants
tels que les PFAS et les pesticides. Notre mission est d'amener la première solution bactérienne commerciale au monde pour la dépollution des PFAS du laboratoire à une application industrielle réelle. Présentation du rôle
Nous recherchons un
Microbiologiste Computationnel Senior
pour construire et diriger notre capacité interne en microbiologie computationnelle et moléculaire depuis le début. Vous établirez une compréhension mécanistique et métabolique de la manière dont nos souches bactériennes et communautés dégradent les PFAS et autres produits chimiques persistants. Vous traduirez cette compréhension en un pipeline computationnel qui prédit la performance des souches et guide la conception rationnelle de communautés microbiennes synthétiques pour des cas d'utilisation spécifiques. Ce rôle fait le pont entre la computation et l'expérimentation. Vous travaillerez directement avec des données de séquençage (Illumina, Oxford Nanopore & PacBio) ainsi qu'avec d'autres flux de données omiques et analytiques. Vous concevrez également les expériences qui valident les prédictions computationnelles sur nos souches. Vous superviserez un technicien de laboratoire qui soutient les flux de travail en laboratoire humide et de séquençage. Il s'agit d'un poste senior, à fort impact, 100% sur site, avec la liberté et la responsabilité de façonner le développement produit basé sur les données chez CellX alors que nous passons du laboratoire au terrain. Principales responsabilités
Leadership et supervision d'équipe
•
Superviser et encadrer notre technicien de laboratoire impliqué dans le projet, en coordonnant les flux de travail de laboratoire humide, de culture et de séquençage (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio) pour garantir des données de haute qualité pour l'analyse en aval
•
Définir les priorités et les standards de qualité pour la préparation des échantillons, le séquençage et la transmission des données entre le laboratoire humide et la bioinformatique
Développement de pipeline bioinformatique
•
Concevoir, construire et maintenir un pipeline bioinformatique interne couvrant l'assemblage du génome, l'annotation et la génomique comparative à partir de données de séquençage à lectures courtes et longues
•
Évaluer et intégrer les meilleurs outils et méthodes disponibles, y compris les approches IA/ML, pour l'exploration du génome, l'annotation fonctionnelle et la caractérisation des souches
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Assurer que le pipeline est reproductible, évolutif et non limité aux technologies actuelles, afin d'incorporer de nouveaux types de données de séquençage et omiques dès qu'ils deviennent pertinents
Compréhension métabolique & dégradation des PFAS
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Établir une compréhension au niveau métabolique de la manière dont nos souches bactériennes dégradent les PFAS, en identifiant les gènes, enzymes et voies impliqués
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Construire et appliquer des modèles métaboliques à l'échelle du génome pour prédire la capacité de dégradation et le potentiel métabolique entre les souches
Validation expérimentale & développement des souches
•
Concevoir et réaliser des expériences, y compris des outils génétiques et des tests fonctionnels, pour valider les gènes et voies de dégradation prédits
•
Développer des outils génétiques pour des bactéries environnementales non modèles afin de soutenir la caractérisation et l'amélioration des souches
Modélisation prédictive & conception de communautés synthétiques
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Concevoir et mettre en œuvre des modèles qui prédisent et apprennent à partir des données génomiques et fonctionnelles au niveau des souches pour prioriser les souches les plus prometteuses
•
Développer un cadre pour guider l'assemblage des communautés microbiennes synthétiques selon le cas d'utilisation, basé sur la fonction prédite des souches et leur potentiel d'interaction
Collaboration, terrain & support réglementaire
•
Travailler en étroite collaboration avec notre équipe R&D pour aligner les résultats bioinformatiques avec les besoins expérimentaux et des projets pilotes
•
Surveiller les souches appliquées lors des déploiements pilotes et sur le terrain
•
Contribuer à la documentation technique pour l'approbation réglementaire et la biosécurité de nos produits microbiens
•
Apporter des analyses bioinformatiques et des insights aux rapports internes et, le cas échéant, aux livrables clients
Votre profil
Qualifications requises
•
Doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique microbienne ou domaine connexe
•
Expérience senior (typiquement 5+ ans) en recherche microbiologique combinant travail computationnel et expérimental
•
Solides compétences en programmation (Python et/ou R) et expérience avec des gestionnaires de flux de travail (ex. Nextflow, Snakemake)
•
Expérience pratique dans l'application de méthodes IA/ML aux données biologiques ou génomiques (ex. prédiction de fonction, exploration du génome, modélisation métabolique)
•
Bonne compréhension de la physiologie et du métabolisme microbien, y compris les voies enzymatiques de transformation et dégradation
•
Expérience en supervision, mentorat ou direction de membres juniors d'équipe
•
Excellente maîtrise de l'anglais (niveau C1 ou supérieur)
Qualifications préférées
•
Expérience directe dans le domaine des PFAS, ou avec la biodégradation d'autres polluants récalcitrants/xénobiotiques
•
Expérience dans la conception ou la modélisation de communautés/consortia microbiennes synthétiques
•
Familiarité avec les données de séquençage à lectures longues (Oxford Nanopore, PacBio)
•
Expérience avec la documentation réglementaire ou les essais sur le terrain de micro-organismes appliqués
•
Expérience préalable dans une startup ou un environnement biotechnologique appliqué
Une note : la recherche indique que les femmes et les personnes issues de groupes marginalisés ont tendance à postuler uniquement lorsqu'elles remplissent tous les critères. Si vous pensez être qualifié, mais ne cochez pas nécessairement toutes les cases, veuillez soumettre une candidature. Nous offrons
•
Un poste senior à fort impact façonnant la capacité de microbiologie computationnelle et moléculaire de CellX depuis le début
•
Un environnement scientifique de pointe à l'intersection de la microbiologie, de la génomique et de la biotechnologie environnementale
•
Un salaire compétitif et un package d'options d'achat d'actions
•
Une culture de startup collaborative avec une prise de décision rapide, un haut niveau de responsabilité et l'opportunité de façonner la première solution bactérienne commerciale pour la dépollution des PFAS
Processus de candidature
Nous attendons votre candidature via le formulaire sur notre site web (
http://www.cellx.ch/careers
) incluant tous les documents suivants :
•
Lettre de motivation
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CV
•
Diplômes/certificats académiques
•
Coordonnées de 2 références professionnelles